Řád 66 byl řádem kancléře Palpatina, který dal Velkou armádu republiky v epizodě III: Pomsta Sithů. Byl to jeden z několika pohotovostních rozkazů vydaných klonovým vojákům, které byli vyškoleni, aby v případě nouze následovali. Řád 66, který mohl být proveden pouze na základě přímého příkazu Palpatina, požadoval, aby klonoví vojáci zabili své vůdce Jediů. Zjevně na místě, aby zabránil Jedimu obrátit se proti Republice, byl řád 66 skutečně Palpatinovým plánem na odstranění řádu Jedi, aby mohl Sith převzít moc.

In-Universe: Order 66 uvádí:

V případě, že důstojníci Jedi jednají proti zájmům republiky a po obdržení konkrétních rozkazů ověřených, že přicházejí přímo od nejvyššího velitele (kancléře), velitelé GAR tyto důstojníky odstraní smrtící silou a velení GAR se vrátí k Nejvyšší velitel (kancléř), dokud nebude vytvořena nová struktura velení.

Když byl vydán řád 66, řada klonových vojáků věřila, že se jedná o falešný řád a místo toho, aby je zabila, začala chránit Jedi. Několik dalších Jedi přežilo zabitím útočících klonových vojáků.

Darth Vader vedl kampaň k lovu a zabití většiny těch, kteří přežili, v letech následujících po Řádu 66. Tato imperiální destrukce Jedi je známá jako Velké Jedi Purge. Přes 100 Jedi a bývalý Jedi se schovali a přežili celé Purge; například, Yoda a Obi-Wan Kenobi přežili tím, že šli do exilu na vzdálených planetách Dagobah a Tatooine.